Sinop, Türkler tarafından 3 Ekim 1214 tarihinde Selçuklu hükümdarı I. İzzeddin Keykâvus eliyle fethedildi. Kaleyi, halkın canına ve malına dokunmamak şartıyla teslim alan Selçuklu Sultanı Şehri gezdi ve baştanbaşa imar etmeyi yıkılan Kaleyi tamir ve şehri daha emin bir şekilde korumak için bir iç kalenin yaptırılmasını emretti.

Daha sonra bir müddet Bizans İdaresine geçen şehir son defa olarak Selçuklu Veziri Süleyman Pervane tarafından 1262 yılında Türk idaresine katıldı. Süleyman Pervane kendi adıyla anılan bugünkü medreseyi, bu fethin bir hatırası olarak yapmıştır.

Sinop bu tarihten itibaren, Müinüddin Süleyman Pervane'nin idaresine girmiştir. 1322 yilina kadar Pervaneoğullari idaresi altında kalan Sinop, bu tarihten sonra Candaroğullari hakimiyetine girmiştir. Candaroğulları ailesi ilme ve İlim adamlarına çok değer vermişler ve birçok eser yazdırmak suretiyle o zamanki Türk Kültürünün yükselmesine hizmet etmişlerdir. 14. yy. sonları ve 15. yy. ilk yarısında Kastamonu ve Sinop sarayları birçok ilim adamı, şair ve Sanatkârı etrafında toplayarak himâye eden birer merkez olmuştur. Candaroğulları hükümdarı Celaleddin Beyazıt'ın ölümünden sonra yerine oğlu İsfendiyar Bey geçmiş (1385) ve bu tarihten sonra da Beyliğin adı "İsfendiyaroğulları" olarak anılmaya başlanmıştır. Şehir bu beylikler döneminde çok imar görmüş ve Camii, medrese, kütüphane imaret, köprü, han ve hamamlar yaptırılmıştır. Tersanelerinde 900 ton ila 1000 tonluk gibi zamanının en büyük gemileri yapılmaya başlandı. Sinop darphanelerinde ise çok güzel işçilikte paralar darp edildi.

Fatih Sultan Mehmet'in 1461'de Trabzon üzerine yaptığı sefer senasında, İsmail Bey'in bağlılığını bildirmesi üzerine Sinop, Osmanlı hakimiyeti altına girmiştir. Osmanlı döneminde de Sinop, bir liman şehri olarak kullanıldı. Tersane de işlevini devam ettirdi. 17. ve 18 Y.yıllarda küçülen şehirde, 19. Y.Y.da Osmanlı Rus savaşları sırasında Karadeniz önem kazanınca bir canlanma gözlendi. Paşa ve Korucuk Tabyaları bu dönemde yapıldı. 1853 Rus baskınında şehir topa tutularak yakıldı ve bu tarihten sonra kale içine çekildi.